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企业的自然人股东间进行股权转让是企业经营中常见情况，单就法律关系而言比较简单，自然人股东们商量好转让价格，签一个股权转让协议就可以了，转让股权根据是否增值，可能会涉及个人所得税。这是一般情况，但股权转让价格并非完全自由定价，有可能会触发税务机关核查。
股权转让中的个人所得税
自然人股东进行股权转让，所涉税负，除了转让所得0.05%的印花税之外，主要是个人所得税。
个人所得税 =（转让所得-股权成本-税费）×20%
个人所得税不同项目税率不同，股权转让属于“财产转让所得”，适用税率为20%。
需要强调的是，上述是指自然人股东直接持股的情形，如果自然人通过合伙企业间接持有目标公司的股权，则情况有所不同。
合伙企业中自然人做有限合伙人（LP）的，其转让所得适用税率仍是20%，但作为自然人做普通合伙人（GP）的，则其转让所得按“个体工商户经营所得”，按3%-35%税率计算，有显著差异。合伙企业情形下个税问题见前文《国税新政对合伙企业持股平台的税负影响分析》，不再赘述。
税率问题明确之后，股权获得成本是固定的，则关键是如何界定股权转让所得。
一般理解，股权转让所得就是股东间商定的股权转让价格，我们说好20万卖掉，那我所得就是20万。我愿意1元卖掉，那也是我的自由，我的股权转让所得就是1元。
但，果然如此吗？
股权转让中的同股不同价问题
股权转让定价是以尊重股东意思自治为原则，股东间有权自由商定转让定价。
但是，这个价格有可能不被税务机关认可，而由税务机关进行核定。
《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》（即67号文）规定：“申报的股权转让收入明显偏低且无正当理由的”，主管税务机关可以核定股权转让收入。
那什么才算“股权转让收入明显偏低”呢？
67号文规定情形：申报的股权转让收入低于股权对应的净资产份额的；申报的股权转让收入低于初始投资成本或低于取得该股权所支付的价款及相关税费的。
通俗地说，股东可以自由定价，但要是低于净资产计价或入股成本了，就算“明显偏低”了。一旦被税务机关认定为明显偏低，并不直接否决，但要求解释正当理由。
某公司，注册资本100万，上年度净资产20万，大股东持股70%，三个自然人小股东各持股10%，但这三个自然人股东获得10%股权的出资却差异很大，A股东认缴出资10万，实际出资1万；B股东认缴出资10万，实际出资10万；C股东溢价出资了15万。都是10%，三个股东，三个出资成本。
现在大股东要回购三个股东的股权，商定原则是平进平出，多少钱出资就多少钱回购，这个属于股东自由定价，公平合理。而且平进平出，则三个小股东所持股权没有增值，也就不需要承担个税了。
但是，站在税务机关角度审视这三笔交易，则看法有所不同：
B股东的股权回购价10万，C股东股权回购价15万，可以。
A股东的股权回购价1万，不行。
因为净资产20万，A股东10%股权净资产计价应该是2万，1万的回购价属于“明显偏低”。税务机关有权核定为2万元收入，减去1万元成本，交2千元个税。
大股东这时就需要以A股东出资额低作为正当理由进行解释了，实操中，这个解释能否得到税务机关认可，有相当的不确定性。
上述三笔交易同时发生，都是10%股权，但转让价格完全不同，即同股不同价。
同股不同价问题，工商变更只要有转让协议就可以，税务核定时，虽不会机械地要求同股必须同价，但是低于净资产计价的则往往不会轻易放行。
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