股权激励计划的设计实施是一个系统性的工程，在设计好以上要素后，还应制定一系列相应的管控机制，包括激励对象的考核机制、薪酬机制、调整机制、转让机制等，以确保股权激励能够顺利有效实施。
1、考核机制
对激励对象业绩进行考核，是股权激励计划实施过程中的一个重要问题。虽然在股权激励计划书和授予协议中都明确规定了激励对象需要完成的任务或业绩指标，但关键是要形成一套科学、完善的考核制度，严格按照计划书和协议书中的考核内容和考核指标定期考核。
企业考核激励对象，除了需要考核公司业绩指标外，还需要考核个人业绩指标，建立立体的评价标准。对激励对象进行考核，可以采用评估报告法、评级量表法、目标管理法、360度绩效考核法、平衡记分卡等。关于绩效考核的内容，这里不再详细阐述。
2、薪酬机制
股权激励不仅考虑公司发展和行业特点，还需要考虑激励对象的中长期薪酬比例。一般情况下来说，高层管理者进行股权激励而获得的薪酬可以占个人总薪酬的60%，中基层管理者占40%，基层管理者占20%比较合理，一方面可以调动相关人员的动力，另一方面可以很好的控制因薪酬支出带来的高额成本。当然，具体设计多少比例，不同企业，不同岗位对企业贡献，所设计的比例是不一样的，企业需要灵活使用。
从更加长远的角度来看，越来越多的企业开始重视企业的长期薪酬激励作用，股权激励在薪酬结构中的比重会越来越高。
3、调整机制
股权激励计划方案并非从设计到实施一成不变，在实践中，因为实行股权激励计划的公司需要采取进一步融资或者配股分红等行为，这样股权激励计划中约定授予激励对象的股权激励标的的数量应相应地进行修改，以保持实质上的公平。
另外，在实施股权激励计划的过程中，如果激励对象发生辞职，被公司开除或者调离岗位等等特殊情形，则其股权激励的资格以及获受的数量均应相应改变。对于这些情况，股权激励计划应当予以事先规定，以避免因上述特殊情形而产生股权激励纠纷。
A、正常股份变动调整
公司因标的股票除权、除息或其他原因需要调整行权价格或股份数量的，可以按照激励计划规定的原则和方式进行调整。除此之外，公司需要调整行权价格或股权数量的，应当有董事会作出决议并经股东大会审议批准，或者由股东大会授权董事会决定。
B、公司重大事件调整
公司在经营过程中，可能会出现并购、重组、出售等重大事件。但是如果这类事件符合以下规定，则不构成重大事件。
（1）公司与母公司之间或子公司之间发生吸收合并、创立合并或重组行为。
（2）公司与母公司之间或子公司之间发生资产售卖、租赁或交换。
（3）吸收合并、创立合并或资产重组之前的公司投票权，在吸收合并、创立合并或资产重组之后任然发挥效力，即仍然在外流通，或转换为新公司的股票在外流通，并且此类投票权占兼并后实体投票权的一定比例或一定比例以上。
C、人员退出的调整
股权激励获授对象离开公司，一般有三种情况，一是辞职，二是辞退，三是生病或死亡等意外事件。如果激励对象获得的是虚拟股份或在职分红股，那么离开就意味着自动消失。如果是实股，并且还在等待期内离开，那么授予的股份也会消失。
如果过了等待期，到了解锁期，激励对象业绩也达标了，那么已经过了解锁期的股份是可以兑现的，但是后面还没有到解锁期的股份是失效的。其中，针对已经解锁的部分，如果激励对象时主动离职，一般情况，公司可以给予一个原值，就是原始购买股份的价格。如果公司认为该员工是公司重大技术秘密的知情人，或者是商业信息的知情人。那么可以考虑按照增值给他，但是增值款项需要分几年给，形成一个约束机制，一般三年，三年之后，很多东西已经改变，原有的机密也不再是机密了。
如果是辞退，当事人业绩达标，可以按照增值给对方。如果是生病或死亡，因公造成的，可以按照增值给予当事人或继承者，但不保留股份，因私造成的，按照原值给当事人或继承者，同样不保留股份。
